مهم ترین خدمات و مجاهدت های مخلصانه آیت الله کوهستانی در عرصه علم و دین تأسیس حوزه علمیه در روستای « کوهستان» یعنی زادگاه خودش بود.
 در سایه پربرکت این مرکز علمی توانست نقش به سزایی در بالندگی و شکوفایی فرهنگ غنی اسلام در استان مازندران ایفا نماید.

ایشان در این باره چنین می فرمود:
« وقتی از نجف بازگشتم در فکر بودم که چه کاری انجام بدهم و چگونه وظیفه خود را انجام برسانم؟ چطور با مردم رفتار نمایم؟
 تا این که تصمیم گرفتم در ویژگی های اخلاقی و رفتاری امامان معصوم علیهم السلام غور کنم و همان سان که آنان با مردم رفتار می نمودند من نیز سیره آن بزرگواران را در رفتار خود با مردم پیاده کنم.
 مردد بودم آب و نان خود را بگیرم و به شهرها و روستاها سفر کنم و به طور سیار و خانه به دوش تبلیغ نمایم یا حوزه ای بنا کنم و عده ای را تربیت کنم که آنان به جای من به شهرها و روستاها بروند و اسلام و دین را ترویج کنند.
دیدم اگر بخواهم به طور سیار در مناطق مختلف بروم و وظیفه ام را این چنین انجام دهم شاید از عهده اش برنیایم و نتوانم به خوبی تبلیغ کنم و مشکلات و زحمات خاص خود را نیز در پی می داشت که با وضع مزاجی و روحی من سازگار نبود.
سرانجام با توکل به خدا و توجه حضرت ولی عصر علیه السلام تأسیس حوزه را آغاز کردم و تمام سعی خود را برای تربیت و پرورش نسل جوان به کار گرفتم.»

روزی  به یکی از فضلا فرمودند:
« هنگامی که از نجف به مازندران آمدم به همسرم گفتم:
 تو حاضری در حق طلاب مادری کنی و من پدری کنم و آن ها را تربیت نماییم تا نزد پروردگار روسفید باشیم؟
قبول کرد و من هم تصمیم گرفتم در آن زمان که رضا شاه نمی گذاشت یک نفر معمم در ایران وجود داشته باشد طلاب زیادی را تحت تربیت و پوشش قرار دهم. »

چگونگی احداث حوزه علمیه

آیت الله کوهستانی حدوداً از سال 1312 شمسی جهت تشکیل حوزه به جمع آوری و تربیت طلاب علوم دینی همت نمود.
ابتدا که هنوز بنایی ساخته نشده بود حسینیه خویش را در اختیار طلاب گذاشت. به مرور زمان علاقه مندان به علم و دانش از اطراف گرد ایشان حلقه زدند تا سال 1321 شمسی که آمار طلاب و شیفتگان علم فزونی یافت لذا معظم له چند اتاق در حاشیه حیاط بیرونی خود احداث کردند و با افزایش بیشتر طلاب و کمبود اتاق به ناچار در منازل محل به عنوان مستأجر اسکان می یافتند تا آن که با اصرار طلاب در مورد احداث ساختمان و افزایش خوابگاه ، به قرآن تفأل می زنند که این آیه می آید:

« قل بفضل الله و برحمته فبذلک فلیفرحوا هو خیر مما یجمعون؛
بگو به فضل و رحمت خدا باید خوشحال شوید که این از تمام آنچه گردآوری کرده اند بهتر است.»

با الهام از این آیه امیدبخش تصمیم بر احداث ساختمان مدرسه گرفت و با یاری خدا و توجهات حضرت ولی عصر علیه السلام کلنگ آن را به زمین زد و با تلاش و کوشش همراه با تدبیر و دوراندیشی سه دستگاه ساختمان کاه گلی بسیار ساده و بی الایش که هر یک مشتمل بر چند حجره ( مدرسه فضل، 5 اتاق رحمت، 11 اتاق و فرح 12 اطاق در دو طبقه) بود برای اسکان طلاب بنا کرد.

زمین های مدرسه از ملک شخصی وی بود و در ساختن مدرسه نیز سعی وافر داشت از اموال شخصی آن را تکمیل نماید و از سهم امام علیه السلام استفاده نکند.
و اگر احیاناً دیگران می خواستند در جهت تکمیل بنای مدرسه وجهی بپردازند دقت داشت که هر پولی را قبول نکند، لذا وقتی یکی از متمکنین مقداری پول فرستاد که در بنای ساختمان استفاده شود، چون نمی توانست آن پول را قبول نکند و از طرفی هم در مصرف آن احتیاط می کرد پول را گرفت ولی خرج چپر دور مدرسه کرد و آن را در ساختمان به کار نگرفت و طولی نکشید که آن چپر خشک شد و به مرور زمان تمام چوب هایش از بین رفت.

برخی از طلاب که از ابتدای تأسیس خدمت ایشان بودند نقل کردند که ما خودمان در ساختمان مدرسه کمک می کردیم و خود آقا نیز از کمک کردن و مهیا نمودن وسایل مورد نیاز و گاه در آماده کردن گِل و حمل چوب دریغ نداشت.

مدرسه از سه قسمت تشکیل شده بود، ایشان هم طبق مفاد آیه شریفه نام آن ها را به ترتیب آیه فضل، رحمت و فرح نامید.
ایشان در این باره می فرمود:
از این آیه استفاده می کردم که مدرسه چهارمی به نام جامعه ( مما یجمعون ) بسازم.
 لیکن این خواسته معظم له عملی نگردید و همان سه مدرسه دایر بود.
در اندک زمانی حوزه کوهستان مملو از مشتاقان علم و فضیلت و کمال گردید به حدی که شمار طلاب از دویست تن فراتر رفت و در بعض سال ها تا چهار صد نفر نیز سکونت داشتند. و به این ترتیب دوران حیات و شکوفایی علوم دینی پس از سال ها خاموشی در مازندران آغاز گشت.
یکی از بزرگان در توصیف و تمجید از آیه الله کوهستانی و خدمت ایشان به اسلام و روحانیت فرمود:
 کوهستانی دهات را نجف کرد.


نقش همسر ایشان در موفقیت حوزه

به طور کلی نقش همسر شایسته و فداکار در موفقیت و پیشرفت اهداف متعالی شوهر، غیر قابل انکار است.
همسر آیت الله کوهستانی را باید از زمره زنان و بانوان ایثارگری به شمار آورد که توانست با درک صحیح موقعیت آیت الله و اهداف بلند و حیات بخش وی نقش بسیار مفید و مهمی را ایفا کند و در واقع یکی از مهم ترین عوامل موفقیت مرحوم کوهستانی در تشکیل و ساماندهی حوزه و تعلیم و تربیت صدها عالم و دانشمند فداکاری و از خودگذشتگی های این همسر بزرگوار بود.

از جهت صفات روحی و فردی وی بانویی صالح و پاکدامن بود. قناعت و ساده زیستی، عشق و علاقه وصف ناپذیر به معظم له و درک مو قعیت اجتماعی و معنوی ایشان او را از دیگر زنان ممتاز ساخته بود. اهل ذکر و دعا بود. نماز را با طمأنینه و خضوع می خواند. در تمام دوران زندگی مشترک خود  چه در مشکلات و ناملایمات و چه در آسایش و راحتی یار و یاور او و خود را شریک شوهر عالی قدرش می دانست.
کسانی که از گستردگی کار روزانه این بانوی پرکار با اطلاع بودند می دانند چه قدر در اداره مهمانان و مدیریت کارهای زیاد منزل مهارت داشت وی با شناخت عمیق به مقام و جایگاه والای ایشان هیچ گاه در کارش احساس خستگی نکرد و در راه تحکیم و تعالی آن حوزه پربرکت از هیچ کوششی دریغ نورزید.

فرزند ایشان می گوید :
 مادرم برای من نقل کرد که: « در یکی از روزها که کارگران مشغول ساختن بنای مدرسه بودند یکی از فرزندانم سخت بیمار و در حال احتضار بود، من می بایست از یک طرف کارگران را پذیرایی و برای مهمان ها غذا تهیه نمایم و از طرف دیگر با پنبه لبان خشکیده فرزندم را با آب تر کنم تا او را از مرگ نجات دهم.
گر چه فرزند عزیزم با آن بیماری از دست رفت اما این گونه خود را تسلی می دادم که ادای وظیفه کردم و خوش حال بودم که من نیز در پایه ریزی و اساس این هدف بزرگ و مقدس سهمی دارم.»

این بانوی بزرگوار برای طلاب نوجوان همچون مادری دلسوز و مهربان بود، همه را فرزند خود می دانست، هر طلبه ای که احساس گرسنگی می کرد و در حجره خود چیزی نداشت و به این مادر مهربان مراجعه می کرد وی با محبت و خوش رویی از غذاهای منزل در اختیارش می گذاشت و او را نا امید برنمی گرداند.
یکی برای گرفتن نان می آمد و دیگری برای ترشی، یکی سبزی می خواست و دیگری سیر، یکی کدو می خواست و دیگری دوغ.

برای او تفاوتی نداشت که طلبه روستایی باشد یا شهری از طبقات محروم و فقیر باشد یا غنی و متمکن همه را یکسان می نگریست و به آنان علاقه داشت و همین محبت های بی دریغ مادرانه بود که طلاب او را چون مادر خویش می دانستند و وی را « ننه جان» صدا می کردند.
او هم از مهمان ها پذیرایی می کرد و هم سرپرست فرزندان بود و هم تسکین بخش خاطر طلاب جوان و هم نوازش گر دل های غم زده نوجوانان دور از وطن و مهجور از پدر و مادر بود.

او چنان مادر مهربانی بود که می گفت:
« روزی که برادر جوانم را از دست داده و تازه از سر مزارش با دلی اندوهناک و دیده ای اشکبار برمی گشتم و در غم جگرخراش برادرم در گوشه خانه اشک می ریختم سید عبدالکریم ( شهید هاشمی نژاد) آمد و گفت: استاد ما آقا سید خلیل ( آیة الله حاج سید خلیل محمدی بادابسری) کسالت دارد اگر برای او آش سوپ درست کنید برای حالش مناسب است ،با خوش رویی پذیرفتم و آش سوپ را بار گذاشتم گویی که من خواهر برادر مرده نیستم. »

از این جهت بود که شهید سید عبدالکریم هاشمی نژاد که خود نیز از محبت های آن مادر بهره مند گشته فرمود:
«اگر ننه جان نبود، آقا نمی توانست این طور در کارشان موفق باشند و چنین حوزه با عظمتی را اداره کنند».

و نیز آیت الله حاج شیخ محمد شاهرودی بهشهری فرمود:
« نیمی از کارهای حوزه و کمک به ریاست دینی آیت الله بر دوش همسر وی بود. »